A mai horvátországi területeken a reformáció korától kezdve már protestáns egyházak működtek. A történelmi és felekezeti értelemben vett protestáns egyházak azok, amelyek a reformációból jöttek létre az 1500-as évek elejétől fogva. Számos ma is élő egyház a reformációs mozgalmakból fejlődött ki. Bár ún. evangélikusok, vagy más szóval lutheránusok voltak a reformáció korában az első protestáns gyülekezetek területünkön is, ma már a helvét hitvallásokat, és köztük a Kálvin tanait követő egyházközségek azok, melyek a legnagyobb számban jelen lévő protestáns gyökerű egyházakat alkotják a mai Horvátország területén. Az evangélikus egyházközségek nem maradtak fenn folyamatos létükben napjainkig, mint a református közösségek.
Jelenleg három református egyház, illetve felekezet működik Horvátországban.
A református egyházközségek Baranyában és Szlavóniában a legszámosabbak és legnépesebbek. Ezeken a területeken modern államokhoz való tartozástól függetlenül a legtöbb egyházközség a 16. század óta gyakorolja történelmi folytonossággal vallását. Bár évszázadokon át egy szervezett anyaegyház kebelében, kerületi hovatartozás alapján működtek, ma már három református felekezet hívei élnek református hitben Horvátországban.
1. Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyház
Horvátország legősibb protestáns temploma, amely a 16. század óta működik Baranya és Szlavónia területén a hercegszöllősi református templom. A Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyház helyi gyülekezetének otthona. Ezen a helyen 1576-ban tartották az első református zsinatot, melyen pontokba szedett alkotmányukat is megfogalmazták az alsó-, és felső baranyai, és távolabbi vidékekről is összegyűlt lelkipásztorok. A közeli Laskó település is arról nevezetes, hogy itt a híres baranyai reformátorok, többek között Sztárai Mihály és Szegedi Kis István működtek.
A mai nevén Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyház a Magyar Királyságban, az Osztrák-Magyar Monarchia idején, a Szerb, Horvát és Szlovén Királyságban, a Jugoszláv Királyságban és a Jugoszláviai Szövetségi Köztársaságban különböző neveken, de jogfolytonosan működött, mint Evangélikus Református Egyház, Helvét Evangélikus Egyház, Református Keresztyén Egyház, Jugoszláviai Református Keresztyén Egyház. A volt Jugoszlávia felbomlása után a Horvátországi Református Keresztyén Egyház 1993. január 30-án Rétfalun mondta ki függetlenné válását. A Vallási Közösségek Nyilvántartása 2003-as bejegyzését követően az egyház Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyház néven működik mindmáig.
A Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyház hitvalló egyház. A Szentírás, mint legfőbb zsinórmértéke és az ókeresztény hitvallások, a Nicea-konstantinápolyi-, Apostoli-hitvallás mellett tanítását a Második Helvét Hitvallásra , ill. a Heidelbergi Kátéra alapozza.
Férfiak és nők egyaránt szolgálhatnak lelkipásztorként ebben az egyházban. Lelkipásztorai mindegyike a Kárpát-medence valamelyik református teológiai egyetemén (Komárom, Budapest) végezték tanulmányaikat, és nyertek oklevelet. A felekezet működése presbiteri-zsinat elvek szerint történik, lelkészi és világi paritásos vezetés alatt. A püspököt, főgondnokot és zsinati tagokat 6 évre választják, újraválasztási lehetőséggel.
A Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyház jelenlegi püspöke Varga György csúzai lelkipásztor, akit ebbe a tisztségbe 2024. június 15-én iktattak be és szenteltek fel Hercegszöllősön. Szolgálatában Kopácsi Kettős János püspököt követte. Az egyház főgondnoka Kettős Áron, kopácsi presbiter. Az egyház székhelye a baranyai Kopácson van.
2. Horvátországi Protestáns Református Keresztyén Egyház
Az etnikailag nem magyar többségű egyházközségek egy része 2001. május 24-én önálló református felekezetté alakultak Horvátországi Protestáns Református Keresztyén Egyház néven. Ez a felekezet eredetileg a Református Keresztyén Egyházközség – Tordinci Espresség néven működött. 2002-ben a jelenlegire változtatta a nevét. Legrégebbi gyülekezete Tordinciban található, ahol 1551-ben tartották a legkorábbi protestáns területi zsinatot.
2011 óta a Horvátországi Protestáns Református Keresztyén Egyház teljes jogú tagként az USA-ban működő Református Episzkopális Egyház joghatósága alá tartozik, és így teljes jogú tagja az Észak-Amerikai Anglikán Egyháznak (GAFCON).
Ennek a felekezetnek a szervezeti a felépítése a püspöki, episzkopális rendet követi. A megválasztott püspököt a maguk is apostoli utódlás elve szerint beiktatott (canonica successio) püspökök szentelik fel. A püspök egy életen át hivatalában marad, és addig tevékenykedik, amíg egészsége ezt lehetővé teszi.
A Horvátországi Protestáns Református Keresztyén Egyház hitvalló egyház, és a Szentírást, mint végső tekintélyt vallja, és az ókeresztény hitvallások, a Nicea-konstantinápolyi-, Apostoli- és Athanasius féle hitvallások mellett tanítását 39 hittételre alapozza. A női lelkészség ebben a felekezetben nem bevett. A Horvátországi Protestáns Református Keresztyén Egyház testvéri kapcsolatban áll a Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyházzal, amely a genfi székhelyű Református Világszövetség képviselőinek közreműködésével áldását adta függetlenségére.
Az egyház székhelye Eszéken, az Óvárosban található, ahol kebelében a „Sztárai Mihály” Protestáns Teológiai Főiskola, a Reformáció Információs Központ, valamint a „Jó Pásztor” protestáns református gyülekezet is működik. A Horvátországi Protestáns Református Keresztyén Egyház jelenlegi püspöke Ph.D. Jasmin Milić, akit Anglia, Amerika és Németország anglikán püspökei szenteltek fel 2013. május 3-án, Tordinciben.
3. Horvátországi Református Keresztyén Kálvini Egyház
A Horvátországi Református Keresztyén Egyház II. Zsinatán Laskón Lángh Endrének, az akkor még egységes horvátországi református egyház tiszteletbeli püspökének jogköreit a Zsinat határozatban korlátozta. Ennek folytán Lángh Endre a zsinat határozatát elutasítva önálló szervezetet alakított kisebbségben maradt támogatóival 1999 elején „Püspöki Hivatal” néven. Ez az új vallási közösségként bejegyzett felekezet 2005-ben változtatta nevét a jelenlegire: Horvátországi Református Keresztyén Kálvini Egyházra. Első püspökét, Lángh Endrét 2002. november 24-én szentelték fel a baranyai Karancs településen a Magyarországi Református Egyház válogatott református püspökei.
A felekezet kezdettől a Jugoszláviai Református Egyház horvátországi jogutódjának vallotta magát, és ezzel ellentétbe keveredett a Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyházzal. Számos adatokkal történő visszaélés és hamis képviselettel történt eljárást követően a Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyház önazonosságának tisztázása céljából pert kezdeményezett az illetékes bíróság előtt a jogutódlás megállapítására. Az eljárás eredményeként a bíróság jogerősen úgy döntött, hogy a Jugoszláviai Református Egyház jogutódja a Horvátországi Magyar Református Keresztyén Egyház, és a Horvátországi Református Keresztyén Kálvini Egyház tagjai ettől függetlenül alapítottak új egyházat 1999-ben.
A felekezet zömében magyar nemzetiségű református vallású tagokból áll, akik az új egyház alapítását követően az újonnan alapított református felekezethez tartoznak. Az egyháznak van egy cseh gyülekezete is Bjeliševacon, amely történelmileg a huszitákhoz tartozik, és amely a Cseh Köztársaságban található Cseh Evangélikus Testvérek Egyházával van hitközösségben.
A Horvátországi Református Keresztyén Kálvini Egyház magával hozta annak az egyháznak a hitvallásait, amelyből elszakadt, és a Szentírás, mint zsinórmértéke mellett az ókeresztény hitvallások, a Nicea-konstantinápolyi-, az Apostoli- és más közös hitvallásokra alapozza tanítását a Második Helvét Hitvallás és a Heidelbergi Káté szerint. A felekezet zsinat-presbiteri elvek szerint működik. A püspököt 6 évre választják újraválasztási lehetőséggel. Férfiak és nők egyaránt szolgálhatnak lelkészként ebben az egyházban. Református teológiai végzettség nem szükséges az egyházi tisztségek ellátásához, lelkészei, püspöke az eszéki pünkösdi teológiai főiskolán szerezték képesítésüket. Az egyház jelenlegi, 1999-es megalakulása óta harmadik püspöke Szenn Péter, aki Csáti-Szabó Lajos lelkipásztor utódja. Főgondnok: Kel József. Székhelye Laskó.
